En 2006, el club jugó el campeonato de Primera B y terminó en la penúltima ubicación, con 15 puntos (por incumplimientos económicos se le descontaron 3 puntos), por lo que debió jugar un cuadrangular de descenso con Deportes Copiapó, Provincial Osorno y Magallanes. A fines de 2006, Deportes Temuco fue castigado por la primera sala del tribunal de disciplina de la ANFP con un año de suspensión en las competencias de la temporada 2007 del fútbol chileno, debido a sus deudas con jugadores y miembros del cuerpo técnico.
